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在对DNA样本进行测序之前，通常需要对其进行扩增。PCR是最为常用且广为人知的扩增方法，但还有另一种选择，那就是等温扩增（isothermal amplification）。温度是否变化，是等温扩增和PCR扩增之间的主要区别。
在PCR中，热循环仪反复改变反应温度，影响各种试剂的作用；相比之下，等温扩增方法则在单一温度下扩增DNA，它采用链置换DNA聚合酶，在沿着双链DNA移动时“解开”链，而不是像PCR那样采用热变性。
等温扩增方法有多种类型，包括链置换扩增（SDA）、滚环扩增（RCA）、全基因组扩增（WGA）、环介导等温扩增（LAMP）、解旋酶依赖性扩增（HDA）和多重置换扩增（MDA）等。下面我们将介绍等温扩增和PCR扩增方法的特点以及如何选择。
扩增方法的选择通常取决于具体应用和现有设备。虽然PCR广泛用于扩增，但它需要使用热循环仪。对于实验室来说，这也许根本不算事儿，不过对于诊断应用而言，这可能就是个缺点。
如果有热循环仪，PCR扩增是一个相对简单的过程，对稀有转录本来说也是个更好的选择。相比之下，等温扩增特别适合那些无法使用热循环仪的情况，而且有时候更快速、更简单，也更经济。
与PCR相比，等温扩增的灵敏度或特异性有时比较低，但这可以通过优化反应来改善。等温扩增可能会受到非特异性的影响。
在某些情况下，两种方法的信息量是不同的。PCR专门检测感兴趣的目标，Tecan的单引物等温扩增（SPIA）则不同，它是一种全转录组方法，可帮助用户检测感兴趣的目标以及其他相关信息，如共存的病原体或宿主信息。
还有一种特殊类型的等温扩增，被称为桥式扩增，应用在Illumina的新一代测序平台中。它可以扩增模板，生成数百万个序列簇，而且只需极少的手动操作。它与大多数等温扩增方法的不同之处在于它是循环进行的，采用变性剂来分离双链DNA（类似于PCR中的加热步骤）。
不过，“这种方法的缺点是，每个扩增循环都需要添加新鲜混合物（包含聚合酶），然后进行化学变性步骤，这使得它的成本远高于常规PCR，”Hegde说。
一种原位的固相等温扩增也许可以替代桥式扩增，应用于新一代测序中。它基于DNA复制的模板步移机制，在固体表面使用低熔点均聚物引物（如polyA），在溶液中使用低熔点模板引物。Hegde称：“这种方法简单快速，经济高效，且适用于双端测序。”
等温扩增技术是不需要热循环系统，就可以进行核酸扩增。相比于常规PCR需要经过严格的高温变性、退火、延伸的等步骤才能模拟体外的DNA分子扩增，等温扩增技术使用的温度是恒温，不需要进行高温变性、退火等步骤就可以模拟体外DNA分子扩增，但仍然还是需要相应的引物、模板、相关聚合酶、核苷酸的条件下反应。
相比于其他核酸扩增技术具有高速、高效、特异性好等优点，此外，它不需要专用的设备。
随着分子生物技术的发展，现在基于等温扩增原理研发出来的新型核酸扩增技术主要有6种，分别是环介导等温扩增技术（LAMP）、重组酶聚合酶扩增技术(PRA)、交叉引物扩增(CPA)、链置换扩增(SDA)、滚轮扩增技术（PCA）、HDA解旋酶依赖性扩增技术。
聚合酶链式反应（PCR）是利用耐高温的DNA聚合酶（Taq 酶），将模板DNA，引物，脱氧核苷三磷酸（dNTP）和缓冲液等在不同温度间循环，从而达到双链DNA分离，引物粘合到模板上的互补区间，最后在DNA聚合酶作用下脱氧核苷三磷酸逐个添加到新合成的DNA链上的过程。
